정부가 종합부동산세를 비롯한 부동산 세제를 실거주 중심으로 개편한다. 1세대 1주택 실거주자의 세 부담은 줄이는 대신 고가주택과 비거주 주택, 다주택자에 대한 세제 혜택은 축소해 과세 형평성을 높이겠다는 취지다.

기획재정부는 3일 서울 중구 은행회관에서 세제발전심의위원회를 열고 이 같은 내용을 담은 '2026년 세제개편안'을 발표했다. 이번 개편안은 부동산 세제 개편과 함께 출산·혼인 지원 방식 개편, 자동차 세제 조정, 자영업자 세제 지원 정비 등을 포함하고 있다.

부동산 세제 개편의 핵심은 종합부동산세 과세 기준을 '주택 수'에서 '주택가액과 실제 거주 여부' 중심으로 전환하는 것이다. 정부는 서민·중산층 실거주 1주택자는 보호하고 초고가 주택과 투자 목적의 주택 보유에 대해서는 과세를 강화하는 방향으로 제도를 손질했다.

우선 1세대 1주택자의 종합부동산세 기본공제는 공시가격 기준 12억 원에서 14억 원으로 상향된다. 이에 따라 시가 약 20억 원 이하의 1주택은 종부세 과세 대상에서 제외된다. 다만 실거주하지 않는 경우 기본공제가 3억 원 줄어 9억 원으로 하향된다.

실거주 1주택의 경우 시가 20억~30억 원 구간은 종부세 부담이 줄어들고, 30억~40억 원 구간은 현재와 비슷한 수준의 세 부담을 유지하도록 설계됐다. 반면 시가 40억~50억 원을 초과하는 초고가 주택은 세 부담이 늘어나도록 과세체계를 조정한다.

정부는 실거주하지 않는 주택과 다주택자에 대해서는 종부세 기본공제를 축소하기로 했다. 그동안 주택 수를 기준으로 운영되던 세제에서 벗어나 실제 거주 여부와 자산 규모를 보다 중점적으로 반영하겠다는 것이다.

양도소득세 장기보유특별공제 제도도 개편된다. 현재는 보유기간을 중심으로 공제를 적용하고 있지만 앞으로는 실제 거주기간을 중심으로 공제 혜택을 부여한다. 거주하지 않은 기간에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하지 않고, 실제 거주한 1세대 1주택자는 현행과 같이 10년 이상 거주하면 최대 80%까지 공제를 받을 수 있다.

장기간 실거주한 1주택자에 대한 세 부담도 완화된다. 정부는 10년 이상 거주한 뒤 시가 30억 원 이하의 주택을 양도하는 경우 양도소득세 기본공제를 현행 250만 원에서 2500만 원으로 확대하기로 했다. 또 고령 1주택자가 수도권 주택을 처분한 뒤 지방으로 이주하면 양도소득세를 최대 50%, 5억 원 한도에서 감면해 주기로 했다.

다주택자의 매물 출회를 유도하기 위한 양도소득세 중과 완화 조치는 2028년까지 연장된다. 종합부동산세 개편은 내년부터 단계적으로 시행하고, 양도소득세 개편은 1년간의 유예기간을 거쳐 2028년부터 적용할 예정이다.

정부는 이번 개편으로 실거주 중심의 과세 원칙을 강화하는 한편, 주택 보유 형태에 따라 달랐던 세 부담 구조를 자산 가치 중심으로 재편하겠다는 방침이다.